Zákon zavádí jednotnou soustavu státních stavebních úřadů, v čele s Nejvyšším stavebním úřadem. Jedná se systémovou změnu, která řeší zásadní problém systémové podjatosti, tedy rizika zasahování místních samospráv do rozhodování o povolování staveb. Vznik jednotné soustavy státních úřadů těmto případům může zabránit.
‍
Benefitem může být také jednotný a předvídatelný výklad stavebních předpisů. Podmínkou je nicméně zajištění přechodu dostatečného počtu kvalitních úředníků a organizační zajištění této soustavy.

Jedním z hlavních důvodů pro přijetí nového stavebního zákona byla komplikovanost a roztříštěnost současné právní úpravy, jejímž důsledkem je neúměrná délka řízení o povolování staveb. Schválený zákon zavádí jedno společné řízení o povolení stavby namísto současného územního a stavebního řízení a řady dalších „zvláštních postupů”.

S tím souvisí i integrace některých dosud samostatných povolení a stanovisek do rozhodnutí o povolení stavby. Rozhodnutí stavebního úřadu bude vznikat ve spolupráci více oprávněných úředních osob. Samostatná zůstávají například stanoviska Agentury ochrany přírody pro záměry ve zvláště chráněných územích, rozhodnutí orgánu státní památkové péče v ochranném pásmu kulturní památky a památkové zóny, stanovisko hasičského záchranného sboru, vyjádření báňských úřadů, veterinární správy a některá další.

Odvolací úřad kromě toho nebude oprávněn rozhodnutí vydané v 1. stupni rušit a vracet, ale vždy bude muset rozhodnout s konečnou platností. Tím se zabrání opakovanému projednávání věci, tzv. „úřednímu ping-pongu”.

Územně plánovací dokumentace na všech úrovních, tedy Územní rozvojový plán pro území celého státu, zásady územního rozvoje kraje, územní plány obcí a regulační plány, budou pořizovány v jednotně upraveném procesu. Zavádí se také lhůty pro její pořízení, byť nezávazné. Podrobněji je upravena možnost pořizování změn územně plánovací dokumentace a regulačních plánů z podnětu oprávněných osob a úřadů.

Územně plánovací dokumentace se bude povinně vyhotovovat v elektronické verzi ve strojově čitelném formátu a její vybrané části v tzv. jednotném standardu, tedy stejným formálním způsobem ve všech případech. Zákon také nově obsahuje definici „modrozelené infrastruktury” a její obecnou podporu v územním plánování jako nástroje pro efektivní hospodaření s vodou ve městech.

Praha, Brno a Ostrava budou mít možnost vydat vlastní stavební předpisy, které stanoví podrobné požadavky na výstavbu odchylně od „celostátních” prováděcích předpisů ke stavebnímu zákonu. Od zákonem a prováděcími předpisy stanovených požadavků na výstavbu bude také možné se odchýlit v některých chráněných územích, u veřejně prospěšných staveb a v některých dalších případech, pokud takové řešení lépe ochrání veřejný zájem.

Zákon obsahuje podrobnou úpravu plánovacích smluv, která poskytuje obcím i investorům větší právní jistotu ohledně toho, co může být obsahem jejich vzájemných závazků v oblasti budoucího využití území, zejména při budování veřejné infrastruktury. Obec může v územním plánu stanovit uzavření takové smlouvy jako podmínku realizace určitého stavebního záměru. Ve smlouvě uzavřené na základě dobrovolné dohody stran se obec může zavázat mj. i podniknout kroky ke změně územního plánu nebo jej naopak po určitou dobu neměnit. Tento závazek působí jen vůči straně či stranám smlouvy, není právní překážkou pro výkon pravomoci orgánů obce.

Závazky investorů se mohou týkat například účasti na výstavbě veřejné infrastruktury nebo jiných staveb vyvolaných jejich záměrem, případně převzetí nákladů na tuto výstavbu nebo poskytnutí peněžního nebo věcného plnění za zhodnocení pozemku vydáním územně plánovací dokumentace.

Zákon zpřísňuje podmínky pro dodatečné povolení tzv. „černých staveb”, postavených bez povolení nebo v rozporu s jeho podmínkami. Takovou stavbu bude možné, kromě splnění všech dalších zákonných podmínek, dodatečně povolit jen za podmínky, že stavebník jednal v dobré víře, tedy že zákon neporušil vědomě. Zákon také výslovně stanoví, že pokud nebude žádost o dodatečné povolení stavby podána ve stanovené lhůtě, nelze stavbu dodatečně povolit.

Mírnější podmínky budou platit v případě, kdy stavba byla podle zákona pravomocně povolena, ale povolení bylo následně zrušeno. Za těchto okolností stavební úřad stavbu povolí novým rozhodnutím, pokud se v opakovaném řízení prokáže splnění všech zákonných podmínek. I pokud některá z těchto podmínek nebude splněna,  stavba se v opakovaném řízení povolí, pokud stavebník jednal v dobré víře a pokud by nařízením odstranění stavby vznikla třetím osobám nebo veřejnému zájmu větší újma, než jaká vznikne nenařízením odstranění stavby.